充沛的降水和高山峡谷地貌特点，造就了林芝地区众多的河流与湖泊。据初步统计，林芝地区境内水域面积达1,149.01万亩，年径流量达3084亿立方米。地区主要河流湖泊有雅鲁藏布江、尼洋河、帕隆藏布、察隅曲和巴松错、新错、易贡错、日及木错等，水能蕴藏总量为9,215万千瓦，可开发利用的约3,184万千瓦，占全自治区的56%，分别为“一江两河”地区的12.4倍和8.8倍，是全国乃至全世界水资源少有的集中地区，具有巨大的潜在优势。