日喀则地区的水资源来源于地表水资源、地下水资源、冰川水资源和大气降水。
地表水资源：全地区境内流域面积大于10,000平方公里的河流有5条，大小河流100余条，季节性流水的间歇河流在120条以上。
主要河流：年楚河、多雄藏布、仲曲河、绒河、叶如河、康布河、涅如河、香河、吉隆河、绒辖河、波曲河。年均径流量为372亿立方米。日喀则地区的湖泊面积约3,178.8平方公里。
主要湖泊：塔若湖、佩枯湖、扎布耶茶卡湖、许如湖。超过100平方公里的湖泊有13个。
全地区地表水资源总量约37.18亿立方米，亩均水资源占有量约2.9万立方米。天然水能蕴藏量约为3,000余万千瓦。
冰川水资源：日喀则地区的冰川及永久性积雪总面积达14,066,422.4亩，冰川水资源总量为1.27亿立方米，分为大陆冰川和海洋冰川两大类。冰川融水是日喀则地区河流、湖泊的重要补给来源。